邵益生认为，新标准的颁布无疑是一件利国利民的大好事，对于保障人民的饮水健康、提升人民生活质量具有重要现实意义。然而，就目前的水源污染形势、供水设施条件、技术管理水平和居民承受能力等现实状况看，施行新标准可能面临三大挑战：

　　第一大挑战：能否有效遏制水环境的恶化趋势，并尽快改善水源水质。

　　众所周知，水源污染是饮用水安全的最大隐患，保护水源是饮用水安全保障的根本途径。通常情况下，没有合格的水源就难以生产出合格的饮用水，当然在水源遭受突发性污染时，采取得当的应急措施也能使供水水质达标，但那毕竟是权宜之计，风险很大，代价也很高。然而，松花江、北江、太湖等流域相继发生的重大水污染事件，一再告诫我们水源污染的严重性、复杂性和长期性。如针对这次太湖的水污染事故，温家宝总理作出重要批示：太湖水污染治理工作开展多年，但未能从根本上解决问题，太湖水污染事件给我们敲响了警钟，必须引起高度重视。

　　我国的水污染形势已非常严峻，有的甚至到了积重难返的地步，造成的后果是，重的，最近几年国家有关部门组织的多次调查结果也证明了这一点。据《中国绿色国民经济核算研究报告2004》公布的结果，2004年我国因环境污染造成的经济损失为5118亿元，其中水污染的环境成本高达2862．8亿元；另据有关资料分析，目前我国至少有30％的饮用水源不合格，有近4亿城乡居民饮水不达标，由此产生的安全风险令人担忧。如果以新的标准来衡量，问题将更加严重。

　　第二大挑战：如何尽快改造供水设施，提高净水技术、工艺和管理水平。

　　在水源水质没有得到根本改善之前，供水系统便成为饮用水安全保障的关键所在，而这个过程可能会非常漫长，供水企业将面临巨大挑战，可谓是任重道远，步履艰难!难的不仅仅是工艺技术问题，还有设施改造的投资问题，有了投资还需要有足够的时间去实施，其后，供水成本也会随之上升，水价格上涨压力也会增大。据有关专家分析，若在现有的常规工艺基础上增加臭氧、活性炭、膜等强化或深度处理，可基本保证出厂水水质能够达标，但需增加制水成本0.3元/立方米左右，再加上配水管网、二次供水设施改造等需要增加的投入，供水的总成本会有较大幅度提高。

　　另据调查结果显示，目前我国城镇绝大多数供水设施不能满足新标准的要求，配水管网和二次供水设施的差距更大、隐患更多；农村的供水设施非常简陋，农民饮水的达标程度基本上取决于水源水的状况。如果严格按新标准的要求来衡量，目前绝大部分人口的饮水都难以达标，正因为如此，国家在颁布实施新标准时，给出了一个五年的宽限期，即将饮用水全部达标的最后期限推迟到2012年7月1日。

　　同时考虑到我国不同地区水源状况和社会经济条件的差异性，作为过渡性的安排，允许各省级政府根据当地的实际情况制定非常规检测项目的具体实施方案。然而，五年的时间并不长，供水企业面临的挑战显而易见。

　　第三大挑战：如何快速提高水质检测能力，进一步加强政府监管力度。

　　水质标准提高后，检测能力跟不上，也就无法判断水质是否达标，执行新标准便成为空话。事实上，供水企业指导生产需要检测数据，政府部门监管需要监测数据，广大消费者也期望了解水质状况。因此，提高水质检测能力和监管水平与改造供水设施同样重要，也是施行新水质标准必须同步完成的重要任务。然而，目前我国大多数供水企业的水质检测能力都不高，截至2005年，在全国几千家供水企业中，只有43家重点城市的规模较大的供水企业具备《生活饮用水卫生标准》（GB5749-1985）中规定的35项指标的检测能力。其中，供水能力超过100万立方米的企业实际能够检测的项目平均为57项，供水能力低于10万立方米的平均只能检测26项，大部分县城以下供水企业尚未配备基本的水质监测设备，甚至不能对常规水质指标进行监洲。

　　供水企业普遍较低的检测能力将严重影响新标准的实施进程，水质标准提高必然对水质的检测方法、药剂、仪器等提出了新的要求，也必然会增加企业的成本支出。如目前检验一个水样即对全部106项指标进行检验的费用高达1.5~2万元，这笔费用已经不低，但添置相应的仪器设备的费用更高，如何消化这些费用，如何整合社会检测资源，如何提高检测设备的利用效率等，不仅是摆在供水企业面前的一个难题，也是各级政府需要认真研究并妥善解决的问题。